É um tema controverso, pois nem todos concordam com as dimensões exactas ou nomes para estas classes de tamanho.

Exposições e catálogos de bonsai japonesas frequentemente referem-se ao tamanho de bonsais individuais atribuindo-os a classes de acordo com o tamanho.

O objectivo da classificação de acordo com o tamanho é dar a impressão exata do real tamanho da árvore a quem, por exemplo, esteja a olhar para a fotografia de um bonsai.

A classificação de acordo com o tamanho implica não só a altura mas também volume visual da árvore no seu vaso. Um exemplo será um bonsai de estilo "bunjin" ( "literati"), que têm poucos ramos, pouca massa verde e, portanto, com a aparência de ser uma árvore pequena (shohin), e aceitável como um shohin.

O maior tamanho, chamado de "imperial", tem este nome devido às enormes árvores em vasos no palácio imperial do Japão.

Classificação de acordo com o tamanho, de forma crescente:

• Keshitsubo: 3-8 cm
• Shito: 5-10 cm
• Mame: 5-15 cm
• Shohin: 13-20 cm
• Komono: 15-25 cm
• Katade-mochi: 25-45 cm
• Chumono / Chiu: 40-90 cm
• Omono / Dai: 75-120 cm
• Hachi-uye: 100-150 cm
• Imperial: 150-200 cm